Ce que nous savons jusqu'à présent de la nouvelle flambée de cas en Afrique du Sud

L'Afrique du Sud est actuellement au milieu de ce que beaucoup pensent être le début de sa cinquième vague de COVID-19. Les sous-lignées Omicron BA.4 et BA.5 sont probablement à l'origine de cette poussée, qui a commencé il y a deux semaines.

Au 1er mai 2022, l'Afrique du Sud a enregistré plus de 4 000 nouveaux cas, selon l'agrégateur privé Our World in Data. Le pays a connu un total de 3,7 millions d'infections confirmées et plus de 100 000 décès pendant la pandémie – le plus élevé du continent.

Le ministre de la Santé Joe Phaahla a déclaré lors d'une conférence de presse le 29 avril 2022 :

Ce qui reste stable … ce sont les admissions à l'hôpital, y compris les unités de soins intensifs (USI), pas un changement très dramatique. Il y a également eu une augmentation des décès, pas très spectaculaire à partir d'une base faible.

En quoi BA.2 et BA.4 sont-ils différents ?

La vague omicron du pays a commencé en novembre 2021 et s'est dissipée en janvier de cette année, selon l'Institut national des maladies transmissibles d'Afrique du Sud. En mars, BA.2 – ce que l'on a longtemps appelé la «variante furtive» – dominait. Cela a provoqué une augmentation du nombre de cas mais n'a pas déclenché de nouvelle vague et a simplement prolongé la queue du pic causé par l'omicron.

En avril, plus de la moitié des échantillons séquencés en Afrique du Sud ont été signalés comme BA.4 et BA.5, leur présence commençant à augmenter à partir du début mars même, selon les données présentées par le ministère de la Santé du pays.

BA.4, qui a été séquencé pour la première fois le 10 janvier à Hong Kong, et BA.5, qui a été séquencé pour la première fois le 6 janvier en Afrique du Sud, ont respectivement huit et 11 mutations supplémentaires par rapport à BA.2.

Jusqu'à la fin du mois d'avril, quelque 402 cas de BA.4 et 179 de BA.5 ont été identifiés dans le monde, selon l'épidémie.info, une plate-forme qui regroupe les données de sources scientifiques, fournit des outils pour suivre les cas de COVID-19, les décès , variantes et rassembler les recherches sur le virus.

L'Organisation mondiale de la santé (OMS), dans sa mise à jour épidémiologique hebdomadaire du 27 avril, avait déclaré que les preuves jusqu'à présent n'indiquent pas de différences de gravité ou de manifestations cliniques d'une infection BA.4 / BA.5.

"L'impact de chaque mutation ou calcul de mutation (est) difficile à prévoir. Des travaux (sont) en cours pour comprendre comment ces changements affectent les propriétés du virus (en particulier dans quelle mesure il échappe à l'immunité et s'il modifie la gravité de la maladie", a déclaré l'agence de santé du pays.

L'augmentation des cas en Afrique du Sud fait partie des trois principaux sujets de préoccupation, selon les dernières projections de l'Institute for Health Metrics and Evaluation (IHME), un centre de recherche indépendant sur la santé de la population de l'Université de médecine de Washington.

Cela fait maintenant environ quatre mois que la vague omicron a culminé dans le pays. "La question demeure - est-ce parce que ces sous-variantes sont plus transmissibles, ou est-ce parce qu'elles ont une évasion immunitaire sur BA.1 et BA.2, qui étaient là en Afrique du Sud et étaient devenues les variantes prédominantes, ou est-ce parce que d'immunité décroissante, juste au fil du temps », a posé la question IHME.

La population d'Afrique du Sud a une immunité mixte, acquise à partir de vaccins et d'infections lors de vagues précédentes déclenchées par bêta, delta, omicron et ses sous-lignées. Seulement 31% de la population a terminé son protocole de vaccination initial, selon Our World in Data.

Les cas BA.4 et BA.5 sont en augmentation et il est donc probable qu'ils puissent provoquer une réinfection, a déclaré l'agence de santé de SA. Cela peut être particulièrement le cas pour les personnes infectées par BA.1 puisque les deux nouvelles sous-lignées sont nettement différentes de celle-ci. Une immunité décroissante pourrait également contribuer à cette poussée.

Dans un étudequi n'a pas encore été examiné par des pairs, les scientifiques ont découvert que les personnes infectées par BA.1 enregistraient une baisse de huit fois, tandis que celles vaccinées enregistraient une diminution de trois fois des anticorps neutralisants lorsqu'elles étaient testées contre BA.4 et BA.5.

"Les faibles niveaux de neutralisation absolue pour BA.4 et BA.5, en particulier dans le groupe non vacciné, sont peu susceptibles de bien protéger contre une infection symptomatique, note l'étude. Cela peut indiquer que, sur la base de l'évasion de neutralisation, BA.4 et BA.5 ont le potentiel d'entraîner une nouvelle vague d'infection, a-t-il ajouté.